Được đặt vào thời điểm giữa của các sự kiện xảy ra trong tác phẩm The Hobbit và The Lord of the Rings của tác giả J. R. R. Tolkien, Shadow of Mordor được khởi đầu một cách rất bi tráng. Nhân vật chính Talion là một chiến binh bảo vệ Black Gate – cánh cổng dẫn vào vùng đất đầy nguy hiểm Mordor. Trong cảnh đầu của game, trạm tiền tiêu của Talion đã bị san bằng bởi quân Orc, dẫn đến đồng đội cùng gia đình của anh đều bị sát hại tàn nhẫn. Talion cũng không thoát được số phận bất hạnh đó, tuy nhiên anh lại may mắn thấy mình được hồi sinh và được gắn chặt với một bóng ma Wraith – linh hồn có sức mạnh cực lớn.